Noms acceptés: comment les choisir

Introduction

Les choix d'un nom scientifique pour un être vivant est une question cruciale, puisque ce nom sert de clé pour accéder à l'information. Il relève de deux approches complémentaires mais distinctes : la taxinomie (ou taxonomie) et la nomenclature.

La taxinomie (délimitation des taxons et leurs rapports entre eux) relève de l'activité scientifique, et différents auteurs peuvent donc faire des choix différents.

La nomenclature s'appuie sur des codes de nomenclature, qui donnent des règles permettant de choisir le nom qui va être retenu. Il n'y a en principe qu'un nom correct pour un taxon donné dans un rang donné. Cependant, l'application des règles est tellement complexe que les auteurs de référentiels préfèrent parler plus prudemment de nom retenu ou nom accepté. Pour les plantes cultivées, l'ISTA a même créé un concept de nom stabilisé.

Un nom accepté est donc simplement le nom considéré comme correct dans l'état actuel des connaissances, et choisi dans un référentiel. Il en résulte que différents référentiels peuvent présenter des noms acceptés différents. Il convient donc, quand on cite des noms scientifiques, de préciser sur quel référentiel on s'appuie.

Cette page présente et commente les référentiels utilisés dans le cadre de Pl@ntUse.

Avant de créer une nouvelle page sur Pl@ntUse, vérifiez quelles sont les pages déjà créées sous le même genre. Pour cela, il faut aller à la catégorie Espèce (ou Species en anglais), où l'on trouve toutes les pages créées automatiquement. Au fur et à mesure de l'écriture, on pourra aussi aller à la page du genre concerné, mais il faut se rappeler qu'elles sont mises à jour manuellement (et donc pas nécessairement à jour !).

Plantes supérieures

Les référentiels

Certains sites se limitent à des données de base sur la nomenclature. D'autres, comme EOL, Catalogue of Life, GBIF, sont des sites aggrégateurs de données, souvent assez complexes. Leur contenu textuel consiste parfois (dans EOL et GBIF) à reprendre Wikipedia en anglais !

Monde entier

• The Plant List. Cette base résulte d'une collaboration entre le jardin botanique de Kew et le Missouri Botanical Garden. L'ambition est de compiler une liste de travail unique des noms des plantes du monde. Le travail de validation étant en cours, la liste distingue les noms acceptés, les synonymes reconnus et les noms "non-résolus" (unresolved). Comme elle résulte d'une compilation brute, la liste comporte encore de nombreuses erreurs et incohérences, qui témoignent de l'ampleur de la tâche à accomplir. Son avantage est de donner tous les noms publiés.
• World Checklist of Selected Plant Families pilotée par le jardin botanique de Kew
• Tropicos. Créé par le Missouri Botanical Garden, cette base de données était au départ à usage interne des chercheurs de l'institution, et se concentrait surtout sur la flore du continent américain. Avec 1,2 millions de noms scientifiques, elle est devenue une source importante au niveau mondial.
• Genetic Resources Information Network (GRIN). Cette base constitue le "noyau taxinomique" du système d'information des Etats-Unis sur les ressources génétiques, et comprend 26 462 genres et 89 533 espèces. Etant donné son objectif, toutes les espèces apparentées susceptibles d'être utilisées comme ressource génétique sont incluses, y compris les plantes ornementales et les arbres forestiers. De plus, les espèces considérées comme adventices nuisibles, les espèces sauvages rares et menacées, ainsi que les espèces incluses dans les annexes à la convention CITES sont également incluses. Toutes les données ont fait l'objet d'une validation, et font l'objet d'une veille nomenclaturale. L'avantage de GRIN est son excellent niveau de validation et de mise à jour. Son inconvénient est qu'elle est loin d'être complète.
• International Plant Names Index (IPNI). Il résulte de la fusion de l'Index Kewensis et de bases de données d'Australie et de Harvard (États-Unis). Son ambition est limitée à la diffusion de données nomenclaturales, à savoir donner les références exactes de publication de tous les noms publiés (et leur orthographe !). Contrairement à ce que croient beaucoup d'utilisateurs, IPNI ne donne en aucun cas le nom correct d'un taxon, et ne doit pas être utilisé pour cela.
• Encyclopedia of Life
  • C'est un site aggrégateur, qui reprend donc les données d'autres sites, y compris Wikipedia en anglais.
  • Le site est déroutant, car au premier abord, on a une seule page avec peu d'informations. Mais à droite du Brief summary, il faut cliquer sur les mots Read full entry. Par exemple, pour Sassafras albidum, on obtient une grande quantité de données détaillées.
  • De quoi dérouter encore, les usages sont cachés dans la rubrique Benefits, ce qui est loin d'être évident.
• e-floras
  • site créé par le Missouri Botanical Garden
  • en particulier, Flora of North America et Flora of China en ligne
  • On peut rechercher un nom dans toutes les flores en ligne sur le site.
• Wikipedia en anglais est devenu le site le plus facile d'accès pour l'information taxonomique. Il couvre la quasi totalité des genres botaniques et a un bon niveau de fiabilité.

Autres sites d'intérêt

• Base de données des plantes d'Afrique (Genève). Exhaustif pour l'Afrique. En cours d'intégration dans PlantList.
• JSTOR Plant Science : Herbiers numérisés, littérature ; la plupart des données ne sont accessibles qu'en payant.
• Angiosperm Phylogeny Website : important pour situer les taxons dans le système de classification APG III. Il donne de nombreux cladogrammes, qui permettent de comprendre pourquoi certaines familles sont éclatées ou regroupées.
• International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Melbourne Code).
• Global Biodiversity Information Facility
• Catalogue of Life créé par Species 2000 et ITIS
• Liste rouge de l'UICN

France

• Base e.flore de Tela Botanica.

Afrique

• Base de données des plantes d'Afrique des Conservatoire et Jardin Botanique de Genève.
• PROTA, 2004- en cours. Ressources végétales de l'Afrique tropicale. Limitée à l'Afrique tropicale, cette base de données textuelle tient compte des données taxinomiques et nomenclaturales récentes. C'est une source importante pour Pl@ntUse.

Noms génériques et supragénériques

• Index Nominum Genericorum (ING) créé par la Smithsonian.
• Index Nominum Supragenericorum Plantarum Vascularium. Projet commun de l'International Association for Plant Taxonomy, l'University of Maryland et la Cornell University.

Comment procéder ?

Voici la logique de choix des noms dans Pl@ntUse :

• pour les plantes sauvages, nous suivons avant tout e-flore (Tela Botanica). Si un nom ne se trouve pas dans e-flore, nous utilisons GRIN, et en dernière instance The Plant List.
• pour les plantes cultivées, nous suivons GRIN au niveau spécifique.

Si un désaccord est constaté, nous essayons de le documenter et d'en exprimer la cause.

Algues

• AlgaeBase a été créé à l'initiative de l'Irlande. Le site comprend les algues terrestres, marines et d'eau douce, mais aussi les phanérogames marines. Il est surtout complet pour les algues marines.

Champignons

• Index Fungorum résulte d'un partenariat entre le Landcare Research (Nouvelle-Zélande) et le Jardin botanique de Kew (Mycologie). Il intègre régulièrement les données de l'Index of Fungi, qui est une publication papier privée (et payante) du CABI.

La nomenclature des champignons ayant beaucoup changé ces dernières décennies, la consultation de ce référentiel est une nécessité absolue.