Aide:Bases de données nomenclaturales et taxonomiques

• Voir aussi Aide:Structure d'une page espèce#Liens

Les BD nomenclaturales sont multiples, leurs choix nomenclaturaux peuvent différer, et leur mise à jour peut ne pas être faite, ou faite à des moments différents. Aucune n'est complète à 100%. D'autre part, de nouvelles révisions paraissent sans cesse, ce qui entraîne des changements. Une extraction de données n'est donc valable qu'à un instant t.

De plus, de nombreuses BD sont évolutives, et de nouvelles espèces peuvent s'y ajouter avec le temps. C'est pourquoi, dans les pages de discussion, nous précisons la date à laquelle les liens ont été vérifiés. Les pages créées ultérieurement ne sont donc pas prises en compte.

En particulier, nous laissons les liens vers Wikipédia. Ils peuvent être vides à un moment donné, mais s'activer peu après.

Quand un changement de nom est récent, nous laissons les liens avec l'ancien nom, qui seul permet de récupérer la plupart des informations. Une BD bien faite gère les synonymes.

Bases de données mondiales

• The Plant List (TPL)
  • C'est une liste de travail (gérée par Kew) donnant le statut de tous les noms d'espèces dans le monde. Elle peut être utilisée par défaut quand une espèce n'est mentionnée nulle part ailleurs.
  • Mais attention : certains groupes ont été vérifiés, et d'autres non. La BD résulte d'une simple aggrégation de diverses bases de données (Kew, Tropicos, BDPA, IPNI, ILDIS...) par un algorithme. Il ne faut donc pas la prendre pour une liste de noms acceptés. De plus, les données ne sont (n'étaient) pas mises à jour dans The Plant List, car c'est le rôle des BD participantes.
  • Les noms sont donnés avec la date et le lieu de publication.
  • La liste des espèces par genre permet de trouver facilement une espèce dont on a une épithète écrite approximativement.
  • L'intérêt de The Plant List est aussi qu'elle donne des liens profonds vers d'autres bases de données, comme IPNI et Tropicos.
  • Depuis 2013, elle n'est plus mise à jour, Kew préférant se consacrer à WFO et POWO.

• GRIN (Genetic Resources Information Network)
  • Créée par l'USDA (Etats-Unis)
  • Excellente BD sur les plantes d'intérêt agronomique ; nomenclature, noms et usages, biblio. La quasi totalité des noms a été revue par un spécialiste.
  • Elle comprend aussi les espèces sauvages menacées aux Etats-Unis.
  • Mise à jour régulièrement ; on peut signaler des erreurs ou des manques à la curatrice, qui réagit rapidement.
  • GRIN-Global est devenu le référentiel commun aux banques de gènes sous l'égide de Bioversity.
  • Pl@ntUse suit de préférence les choix de GRIN.

• World Flora Online (WFO)
  • Site géré par Kew, avec la collaboration de plusieurs institutions (New York Botanical Garden, Mobot, Conservatoire de Genève...).
  • Très complet, mais pas à jour. Il donne des descriptions tirées de diverses flores.
  • 1 325 205 noms, 350 510 espèces acceptées
  • Les dates de publication ne sont pas données, ce qui est incompréhensible. Bizarrement, il cite Plant List.
  • Donne de nombreuses images en CC-BY-NC.
  • Détail agaçant : souvent, c'est un homonyme tardif qui vient en premier dans une requête, et le nom accepté en second.

• Plants of the World Online (POWO)
  • Site propre à Kew. Difficile de savoir pourquoi il est différent de WFO, et pourquoi les deux ne sont pas fusionnés.
  • Il intègre surtout les données de la Flora of West Tropical Africa (FWTA) et de la Flora of East Tropical Africa (FETA).
  • 1 134 000 noms. Il donne des cartes de répartition par pays. Le curateur est très réactif.
  • Défaut : il faut déjà connaître le nom pour le trouver ! En effet, il n'y a pas de recherche approchée, et pas de noms "sensu" : Phaseolus mungo donnera Vigna mungo, mais pas Phaseolus mungo Roxb. (1832) non L. (1767) (= Vigna radiata).
  • Attention : le système donne souvent en premier un homonyme postérieur !

• IPNI (International Plant Name Index)
  • Résultat de la fusion de l’Index Kewensis et de deux autres BD ; elle donne les références bibliographiques précises sur les noms botaniques validement publiés. Mais elle ne dit en aucun cas si un nom publié est un synonyme ou un nom accepté. Les données de l’Index Kewensis ont été reproduites telles quelles par numérisation des tomes sur papier. Les erreurs sont progressivement corrigées.
  • IPNI donne souvent le lien BHL vers le protologue (ce qui est très pratique) et celui vers WFO.
  • De même, IPNI donne des notices sur les auteurs, en mentionnant l'abréviation acceptée pour leur nom.
  • Un recherche par auteur permet aussi de lister tous les taxons nommés par cet auteur, ce qui est très pratique.
• Le curateur est réactif. Mais il est inutile de proposer l'ajout d'un lien vers le protologue, car cela se fait avec BHL par une procédure automatique. Quand un volume comporte plusieurs paginations sucessives, on obtient la première page numérotée, même si la bonne est le seconde ou la troisième. Il faut alors faire défiler les pages jusqu'à trouver la bonne.

• Tropicos
  • site du Missouri Botanical Garden. Il est bien à jour, mais c'est d'abord une liste de travail pour les chercheurs du Mobot. Il couvre donc surtout les domaines géographiques où travaillent les chercheurs du Mobot (Amérique tropicale, Madagascar...).
  • Contient 1,3 millions de noms
  • donne de nombreuses images en CC-BY-NC.

• Wikipédia
  • Site multilingue ; la version anglaise est de loin la plus complète.
  • Il est loin de couvrir toutes les espèces, mais les données de caractère encyclopédique sont souvent de qualité.
  • Très nombreuses illustrations sur Wikimedia Commons, le serveur de médias de Wikipédia

• Wikispecies
  • Site frère de Wikipédia
  • Liste en principe tous les taxons (animaux et végétaux), mais sa structure rigide le limite.

Bases de données régionales

• BD des Plantes d'Afrique (BDPA) (CJB de Genève) pour les plantes africaines
  • La référence complète pour tout le continent africain (y compris Madagascar, Mascareignes et Macaronésie).
  • Mise à jour régulièrement ; on peut signaler des erreurs ou des manques (en français) au curateur, qui réagit rapidement.
  • Il donne des cartes de répartition par points.

• Euro+Med Compilation de Flora Europaea et de Med-CheckList
  • Peu ou pas de mises à jour
  • Donne des cartes de répartition par pays.

• Flora of Tropical East Africa sur JSTOR. Le lien donne apparemment la liste de tous les taxons publiés.

Bases de données nationales

• Tela Botanica pour la France
  • Nomenclature avec tous les synonymes ; la taxonomie suivie est celle de Flora Gallica.
  • Aussi : noms populaires en diverses langues européennes, description, cartes de répartion par département et par points...
  • Les discussions nomenclaturales se déroulent sur un forum de discussion dédié de Tela Botanica.

• Inventaire national du patrimoine naturel (INPI, MNHN)
  • Couvre tous les êtres vivants de la France, y compris DOM-TOM.
  • Le référentiel taxonomique est TAXREF. Sa composante botanique provient initialement de Tela Botanica. Mais TAXREF met à jour en particulier les noms des DOM-TOM, et est ainsi devenu le meilleur référentiel pour ces aires géographiques.

• e-floras pour les plantes nord-américaines (Etats-Unis + Canada) (Flora of North America) et chinoises (Flora of China).
  • A priori pas de mise à jour ; les données reproduisent les volumes publiés.

• Flora of Pakistan
  • Nouveau site, qui remplace celui sur e-floras.

• Flora of Zimbabwe

• Flora of Mozambique

• Flora of Zambia

• Flora Zambesiaca

• PlantZAfrica
  • Plantes indigènes d'Afrique du Sud

• Voir aussi Flores en ligne.

Autres bases de données utiles

• Mansfeld (Mansfeld's World Database of Agricultural and Horticultural Crops)
  • Nomenclature et encyclopédie des plantes cultivées (hors plantes ornementales et arbres forestiers)
  • Ce site n'a malheureusement pas été mise à jour depuis 20 ans, et est devenu obsolète si l'on cherche les noms acceptés. Par contre, il donne des synthèses sur la culture et les usages, qui varient peu.

• Plants for a future
  • excellent site amateur sur les usages et la culture des plantes
  • A d'abord couvert les plantes cultivables en Europe, et s'étend maintenant aux Tropiques
  • Plus de 7000 espèces

• Useful Tropical Plants Database
  • Cette excellente BD a été créée par un amateur (qualifié).
  • Elle comprend des notices détaillées sur 9431 espèces utiles tropicales.

• FAO Ecocrop
  • synthèses d'intérêt agronomique
  • inaccessible depuis de nombreux mois (en 2020). le site a probablement été fermé définitivement.

• Biodiversity Heritage Library (BHL)
  • Ce site donne accès à de très nombreuses publications historiques en ligne (livres et revues).
  • Un algorithme permet une recherche par nom scientifique, et de trier par année. Cette possibilité est très intéressante.
  • Nous donnons le lien vers le nom accepté. Mais pour retrouver toutes les informations, il faut répéter la recherche avec les synonymes courants.

Sites agrégateurs

Ces sites gérés avant tout par des informaticiens agrègent des données provenant parfois de nombreuses institutions. Mais ces institutions ne sont pas nécessairement les plus représentatives, et le résultat est hétérogène. Souvent, les pages donnent un cadre avec des rubriques vides. La situation s'améliorera probablement avec le temps.

• GBIF - Global Biodiversity Information Facility.
  • Très nombreux partenaires, mais le résultat est le plus souvent décevant.

• Encyclopedia of Life
  • C'est un site aggrégateur, qui reprend donc les données d'autres sites ; Les meilleures données viennent de Wikipedia en anglais !
  • Le site est déroutant, car au premier abord, on a une seule page avec peu d'informations. Mais à droite du Brief summary, il faut cliquer sur les mots Read full entry. Par exemple, pour Sassafras albidum, on obtient une grande quantité de données détaillées.
  • De quoi dérouter encore, les usages sont cachés dans la rubrique Benefits, ce qui est loin d'être évident.

• Catalogue of Life
  • J'ignore comment utiliser ce site.

Conseils de recherche

Rares sont les BD qui permettent une recherche rapprochée. Exemples avec Plant List :

• Lisyanthus (graphie d'Aublet) donne "pas de réponse". Lisianthus non plus. Il faut chercher Lisianthius.
• cærulea : pas de réponse. Il faut délier les lettres comme suit : caerulea.
• Zizyphus (graphie d'Adanson) : pas de réponse. Il faut taper Ziziphus.

La raison en est que les BD pratiquent des "corrections automatiques", prévues par le Code de nomenclature. Encore faut-il les connaître. Quand un auteur fait une faute d'orthographe, on a le même problème.

Dans ces cas, le plus simple et efficace est de passer par Google qui, lui, a une fonction de recherche rapprochée. J'ai ainsi pu identifier Moluccella laevis derrière le Melissa constantinopolitana mentionné par Eugène Rolland. Ce n'est pas un nom linnéen, mais on le trouve chez Mattioli (1572, chap. CI, 468), qui écrit : "Aucuns l'apellent Molucha, parce qu'elle a esté apportee des isles Moluches". L'illustration correspond bien à Moluccella laevis.