Une catégorie peut elle-même être placée dans une catégorie d'ordre supérieur. Cette fonction est très puissante, puisqu'elle permet de naviguer dans l'arborescence des catégories pour trouver les pages. Ce n'est évidemment efficace que si l'on a organisé les catégories dans un véritable thésaurus.
La question des thésaurus est complexe, et a hanté bien des bibliothécaires. Avec Mediawiki, chacun peut créer ses catégories, ce qui peut conduire à une grande confusion. Dans ce chantier permanent qu'est Wikipédia, un projet [http://fr.wikipedia.org/wiki/Projet:Cat%C3%A9gories Catégories] a dû être créé pour réorganiser les catégories et reclassifier les pages. Les membres de ce projet se sont intitulés les wikifourmis.
Nous n'en sommes pas là sur Pl@ntUse. Mais pour éviter la cacophonie, il est impératif de bien réfléchir à l'organisation des catégories, en prenant appui sur les thésaurus existants et sur Wikipédia / Wikimedia Commons.
Une idée de base est que, dans le cas de concepts qui s'organisent dans une raltion d'inclusion, on classe uniquement dans la catégorie la plus petite possible. L'exemple type sur Wikimedia Commons est la catégorie d'une espèce botanique, qui sera automatiquement incluse dans une catégorie de genre, elle-même dans une catégorie de famille. Il ne faut donc surtout pas classer la même page dans les trois niveaux.